Sekretariat dipimpin oleh seorang Sekretaris yang mempunyai tugas pokok menyelenggarakan urusan penyusunan program keuangan, umum dan kepegawaian.
Untuk menyelenggarakan tugas pokok sebagaimana dimaksud, Sekretariat mempunyai fungsi:
- penyusunan program dibidang perencanaan dan pengelolaan keuangan di lingkungan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah;
- pelaksanaan urusan surat menyurat, kearsipan, perjalanan dinas, rumah tangga, perlengkapan, keprotokolan dan kehumasan serta kepegawaian dilingkungan Badan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah; dan
- pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Kepala Badan terkait dengan tugas dan fungsinya.